电子工程系起源于20 世纪50 年代的复旦大学物理系电子学实验室。1982 年9 月，电子工程系正式建立。1986 年5 月，电子工程系成立了复旦大学生物医学工程研究所。2000 年6 月，电子工程系、计算机科学系和物理系的一部分，组建成为“复旦大学信息科学与工程学院”。电子工程系目前设有电路与系统学科的硕士点和博士点以及电子科学与技术博士后流动站，建有从本科到硕士点、博士点、博士后流动站的完整人才培养体系。电子工程系所属的电子科学与技术（一级）学科为国家A 类学科；设有的电子信息科学与技术本科专业为国家一流专业。电子工程系的主要研究方向包括：图像与智能信息处理，人工神经网络及深度学习，智能电子系统，复杂网络理论与应用，信号处理及应用，工业控制，电路分析与测试等。多年来，电子工程系承担了大量的国家和省部级科研项目，获得多项国家及省部级奖项，取得了丰硕的成果。
自1982年至今，电子工程系历任主任是凌夑亭（1982~1985）、方林虎（1985~1993）、邵祥义（1993~1998）、童家榕（1998~2000）、汪源源（2000~2008）、胡波（2008~2010）、李翔（2010~2015）、王斌（2015~2021）、顾晓东（2021~至今）。
