电子工程系始建于1960年，重建于1982年，现属于信息科学与工程学院。本系现有中国工程院院士1名，复旦大学特聘教授1名，教授10名，副教授与高级工程师11名。 

电子工程系的电路与系统和生物医学工程分别为国家重点学科和上海市重点学科，都具有硕士点、博士点及博士后流动站。本系科研方向广泛，其中医学超声工程等研究方向处于国内领先地位，有一定国际影响；图像与智能信息处理、数字系统理论与通信技术、人工智能和神经网络、心脏起搏与电生理、复杂网络理论与应用等研究方向有较大国内影响。