电子工程系隶属于复旦大学信息科学与工程学院。追溯专业及系科的历史，其起源于20世纪50年代的复旦大学物理系电子学实验室。
1952年全国高校院系调整，复旦大学按照以文理科基础学科为主的综合性大学的要求建设发展。电子学当时作为新兴技术发展迅速，国家急需培养相关人才。1956年国内各高校无论理科还是工科，纷纷建立相关专业。当时复旦大学物理系电子学实验室承担着全系的电子学基础课程和实验，在党中央“向科学进军”的号召下，电子学实验室在室主任赖祖武带领下，试制成功复旦601型电子模拟计算机。这是国内首先报道的第一台电子模拟计算机，是复旦大学研制电子计算机跨出的第一步。以后相继有电子管的通用计算机602型和晶体管的复旦603型等计算机诞生。与此同时，也开始了新专业的建设准备工作：建设无线电基础实验室、脉冲技术专业实验室；准备电子学方法和脉冲技术等专业课程；校党委对这一领域的师资队伍建设也实施了多项特殊政策和措施。
历经2年准备，1958年9月，无线电电子学专业正式成立。袁榘任专业教研组主任。按照工作任务和学科范畴，专业内设无线电技术、计算机、电子物理和微波（无线电物理）4个“中队”，以后均发展成为独立的教研组。这期间专业建设取得很大进展：制定专业教学计划；开设无线电基础、电子学方法、脉冲技术、微波技术、无线电接收、超高频电子管等专业课程；编写教材；建设基础教学及专业实验室；自制一系列仪器设备。电子物理教研组主任华中一等编写出版了《高真空技术与设备》一书，它是我国第一部有关高真空技术的专著。无线电电子学教研组的工作得到学校高度肯定。
1960年9月，学校正式成立无线电电子学系（物理三系）。任命华中一、袁榘、刘静华为副系主任。系内设2个专业：无线电电子学和电子物理。下设4个教研组：无线电基础、无线电技术、无线电物理和电子物理。1961年8月，根据《高教六十条》精神修订了教学计划，加强了基本理论、基本知识、基本技能的学习和培养。使无线电电子学系的教学工作走上正规稳定发展的道路。
1962年4月，为贯彻党中央对国民经济进行“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，学校决定将无线电电子学系仍然并回物理系。物理系系主任为王福山，副系主任为蔡怀新、华中一、袁榘、刘静华。2个系的合并只是行政和组织机构上的变化，无线电电子学专业及其相关教研组的教学、科研和专业事务仍维持不变，继续发展。
1970年左右，为适应微电子技术的发展，物理系无线电电子学、半导体等专业许多教师联合办起了“复旦大学四一工厂”。当时“复旦大学四一工厂”在全国具有很大影响，全国企业所需要的小规模集成电路、关键电路、高速比较器等，很多是由该厂提供。集成电路方面的工艺、设计等基础在这一时期逐渐形成。
1982年9月，为适应微电子集成电路技术发展的需要，学校决定，由物理系无线电电子学教研组、无线电物理教研组、半导体教研组部分教师和“复旦大学四一工厂”有关教师组建成立电子工程系。系内设有3个本科专业：无线电电子学专业、半导体微电子学专业和无线电物理专业，教职工共150多名。从某种意义上说，电子工程系的成立，是当年无线电电子学系的恢复与重建。
1984年10月，电子工程系成立了复旦大学微电子学研究所，凌夑亭教授任所长。该所主要研究方向有集成电路设计、集成电路测试、集成电路工艺、集成电路薄膜技术、集成电路新型器件、集成电路计算机辅助设计、半导体压力传感器、器件模拟及器件模型参数提取等。下设微电子工艺、集成电路传感器、低压化学气相淀积、集成电路计算机辅助设计、集成电路设计、集成电路计算机辅助测试等6个研究室，先后承担了10余项国家“六五”“七五”攻关项目及几十项部委、市的科研项目，曾获得“(0.35~1μm)CMOS基本单元库”（国家科技进步二等奖）、“硅衬底上COSi2/Si异质固相外延生长”（教育部科技进步三等奖）等20余项科技成果。
1985年后，电子工程系的规模再次扩大。为加快微电子学科的发展，引进我国第一位博士后洪志良教授；为加强无线电物理专业的力量，引进年轻有为的金亚秋教授。经学校批准还增设了生物医学电子学专业（为原国家教委试办专业）。此时电子工程系共有4个本科专业：无线电电子学专业、半导体微电子学专业和无线电物理专业、生物医学电子学专业，教职工150多名。电子工程系最鼎盛时期全系教职工达到230多人。
1986年5月，电子工程系成立了复旦大学生物医学工程研究所，方祖祥教授任所长。该所主要研究方向是医学超声技术、心脏电生理与心脏起搏、生物力学、听觉生理、生物控制论、医学图象处理、医用激光研究、医用高分子材料、医学物理研究、临床医学仪器等。下设医学电子学、生物力学、医学图象、医学物理、激光、生物控制、医用高分子、临床医学工程等8个研究室。曾取得“用相互独立的双超声多普勒效应定量测量血流速度”（获1984年国家发明二等奖）、“FD-1程控心脏刺激仪”（获1985年国家科技进步三等奖）、“AXB-3按需式心脏起搏器”（获1985年国家科技进步三等奖）等20余项科技成果。
1988年，微电子学与固体电子学被评为国家重点学科。1991年起筹建“专用集成电路与系统国家重点实验室”，1992年获世界银行贷款，1992年专用集成电路与系统国家重点实验室正式批准成立，章倩苓教授任主任。1992年后，电子工程系共有11个实验室：无线电物理、电子学方法教学、集成电路教学、集成电路设计、CAD软件、无线电电子学、低压化学气相淀积、医学电子学、无线电专业教学、专用集成电路与系统等。
1993年，电子工程系共有4个本科专业：微电子学、电子学与信息系统、无线电物理、生物医学电子学；1个专科：电子技术。1994年国家教委专业目录调整，生物医学电子学专业调整为生物医学工程专业，由于复旦大学未及时调整，因而停止招生。故1995年起电子工程系共有3个本科专业，生物医学电子学实验室依然存在，被列入无线电专业实验教学的一部分。
1996年，电路与系统学科被评为上海市重点学科。1997年成立了电子信息与系统研究所，该所主要研究智能控制、信息系统、电磁信息与高频技术、计算机辅助设计、多媒体技术与通信等。同年又建立了“电子科学与技术”博士后流动站。1998年5月又成立了“电子信息科学基础教学实验中心”，俞承芳教授任主任。
1998年，电子工程系又调整为4个本科专业：微电子学、电子学与信息系统、无线电物理、通信工程；1个专科：应用电子技术。1999年电子工程系专业设置又调正为3个本科专业：微电子学、电子信息科学与技术、通信工程。
1999年，微电子学与固体电子学成为全国重点学科，无线电物理与无线电电子学成为上海市重点学科，同时电路与系统学科获教育部批准，设立特聘教授岗位。
2000年6月，学校决定，由当时的电子工程系、计算机科学系和物理系的一部分，组建成为“复旦大学信息科学与工程学院”。 并将电子工程系的通信工程教研室、电磁场与微波教研室（即通信工程、无线电物理2个专业）调出，与物理系和计算机科学系的部分组室组建成为通信科学与工程系。计算机科学系更名为计算机科学与工程系。电子工程系与前2个系及新建的光科学与工程系一起成为学院下属的4个系。此时电子工程系有3个专业：微电子学、电子信息与技术、生物医学工程。
2001年6月，学校决定，将电子工程系的半导体微电子教研组调出单独设系。此时，电子工程系规模为40多名教职工；2个专业：电子信息与技术、生物医学工程；2个科研中心：生物医学工程研究中心和数字技术研究中心；1个实验中心：电子信息科学基础教学实验中心。2003年该实验中心获上海市高校实验室先进集体荣誉称号。
“电子信息科学基础教学实验中心”是世界银行贷款《高等教育发展》项目，也是复旦大学211工程项目和985项目共同投资建设的，总投资约800万人民币。该实验中心于1999年1月通过了上海市高校基础课教学实验室评估，承担了全校非电子类专业学生和电子工程系学生的电子学实验课程，每年实验学生人数在700人左右，实验人时数约9万人时。开设的实验课程有非电子类专业：电子学方法实验、微机实验、电子系统设计等；电子类专业：电子线路设计、微机实验、电工实验、电子系统设计及近代无线电实验等。下设有基础电路实验室、现代测量方法实验室、EDA软件教学实验室、电工实验室、生物医学电子学实验室、微波教学实验室、研究生实验室和学生开放实验室等。学生实验室面积约800平米。该实验中心在完成教学任务的基础上，还充分发挥实验室设备的优势，积极开展社会培训工作，培训课程有：LabVIEW初级培训（ NI美国国家仪器公司授权第三方），可编程逻辑器件培训（与美国XiIinx公司合作），信号与系统实验培训（与校自学考试办公室合作）。
2000年生物医学工程专业成立，同时生物医学工程学科又获准设立复旦大学特聘教授岗位。2001年，电路与系统学科被评为全国重点学科。2003年又建立了生物医学工程博士后流动站。至此电子工程系设有电子信息科学与技术、生物医学工程2个本科专业和电路与系统、生物医学工程2个硕士点以及电路与系统和生物医学工程2个博士点，其中生物医学工程具有一级学科博士授予权，电路与系统是电子科学与技术一级学科博士授予点的3个组成部分之一。电子工程系在校本科生有400人左右，硕士生100人左右，博士生10人左右，博士后4人。作为科学研究应用性的理科院系，电子工程系特别注重培养本科生扎实的数理基础，良好的科学素质和一定的创新能力，使学生牢固地掌握本学科的基础理论和基本技能。电子工程系历届学生参加全国大学生电子设计竞赛、全国大学生挑战杯、全国研究生电子设计竞赛等，连续获得优异成绩。2004年参加全国大学生电子设计竞赛年年获奖，一举夺冠，捧INTEL杯，并另获全国二等奖。2003年00级电工集体获上海市新长征突击队和上海市三好集体荣誉称号。
2020年，学校决定，将电子工程系的生物医学工程专业调出单独设中心。目前复旦大学电子工程系所属的电路与系统学科（二级学科）成为国家重点学科，所属电子科学与技术学科（一级学科）成为国家重点学科。近年来，在国家985、211建设项目和“双一流”建设的支持下，学科建设有了很大的进步。近五年来，李翔教授获国家自然科学二等奖，顾晓东教授获上海市自然科学三等奖；电子工程系承担了包括国家自然科学基金委杰青项目、重点项目、国家重点研发计划项目课题在内的各类国家级项目近30项以及省部级和企业合作项目50余项。目前复旦大学电子工程系设有电路与系统学科的硕士点和博士点以及电子科学与技术博士后流动站，建有从本科到硕士点、博士点、博士后流动站的完整人才培养体系。电子工程系所属的电子科学与技术（一级学科）为国家A类学科；设有的电子信息科学与技术本科专业，2019年获批为国家一流专业。
目前电子工程系的主要研究方向包括：数字系统理论与技术，人工智能和神经网络，复杂网络与控制，图像处理与模式识别，信号处理，工业控制，通信理论与技术，电路分析与测试等。
电子工程系在培养学生的专业素养和科研能力的同时，精心设计课程的思政内容，其中多门课程入选了上海市和复旦大学课程思政示范课程建设计划。电子信息实验教学实验中心获批上海市实验教学示范中心，模拟电子学虚拟仿真实验室获批上海市首批虚拟仿真实验教学项目，并牵头教育部新工科研究与实践项目——理工融合的“智能科学与技术”专业新工科研究与实践。另外，获上海市教学成果一等奖两项，“信号与系统”获首批国家级一流本科课程称号，并有多门课程获得上海市和复旦大学精品课程称号。
作为科学研究应用性的理科院系，电子工程系特别注重培养学生扎实的数理基础，良好的科学素质和创新能力，使学生牢固地掌握本学科的基础理论和基本技能。电子工程系历届学生参加全国大学生电子设计竞赛、全国大学生挑战杯、全国研究生电子设计竞赛等，连续获得优异成绩。电子工程系的毕业生以其深厚的知识素养、出色的实践能力和积极的创新精神，受到用人单位的广泛赞誉。
自1982年至今，电子工程系历任主任是凌夑亭（1982~1985）、方林虎（1985~1993）、邵祥义（1993~1998）、童家榕（1998~2000）、汪源源（2000~2008）、胡波（2008~2010）、李翔（2010~2015）、王斌（2015~2021）、顾晓东（2021~至今）。
