实验中心实行校、院和中心的三级垂直管理。为保障中心建设和发展的可持续性，在学校及相关职能部门支持下，实验中心落实制度、队伍、条件等方面的保障机制，并将进一步规范管理，保障中心建设成效。
      （1）制度保障
       在实验室管理方面，学校制定了《[校内规章]复旦大学教学实验室管理暂行规定》，不断加强实验中心建设工作的指导、检查和监督；在实验室仪器设备管理方面，学校先后制定实施了《复旦大学大型仪器设备管理办法（试行）》、《复旦大学物资采购管理规定》、《复旦大学仪器设备家具招投标采购管理办法》、《复旦大学国有资产管理暂行办法》、《复旦大学仪器设备家具损坏或丢失处理暂行办法》等一系列规章制度，以确保实验教学的正常开展。
       除严格执行学校制定的规章制度外，实验中心在建设过程中制定和不断完善了《实验室主任岗位职责》、《实验教师职责》、《实验室专职技术人员岗位职责》、《实验中心学生实验守则》、《工作档案管理及实验室信息收集制度》等电子信息教学实验中心实验室规章制度，将责任落实到个人。每学期末做一次仪器检查、资产清查，学期初再进行仪器设备检查，确保实验课程能正常开展。
      （2）教学管理
        在具体的实验教学和教学质量保证管理方面，中心已经建立了完整的体系。具体包括：
        ①选聘教师保证质量
        选择教学经验丰富、工作责任心强、好的团队精神、较好的科研背景的教师承担实验教学。
        ②集体备课制度
        实验教学中心的教学由课程主讲教师和中心技术人员共同负责，实行集体备课制，轮流主持备课会，使得基本操作、教学目的和要求、可能出现的问题等教学规范得到充分讨论，保证教学质量的一致性。
        ③培训上岗制度
        对于第一次参加实验教学的教师或新上岗研究生助教，不论年资高低，都要求试做、试讲，由实验教学中心主任负责，组成教学小组考核，根据情况建议撤换教师。 
        ④巡视督察制度
        实验中心主任定期到各实验室了解教学第一手资料，并经常巡视各实验室，及时发现并处理教学中各种问题。
        ⑤建立学期中期评估制度
        由实验教学中心主任抽查教学情况，向学生了解教师的教学效果，进行分析评估，将评估结果反馈给每位教师，促其扬长补缺。 
        ⑥学生评议制度
        每学期末，通过网上评教系统由学生进行教学效果评价或召开学生座谈会评议各实验课程的教学质量。