实验中心实行校、院和中心的三级垂直管理。中心主任负责中心日常事务、实验室建设和教学科研。根据教学活动特点，实验教学平台分为三个环节，分别为认知环节、实训环节（基础实验、综合实验、专业实验）、创新环节（开放实验、创新实验），各环节每门实验、每个项目由实验教学队伍具体负责。围绕中心教学的日常事务，实验管理队伍负责整个实验中心日常运转、保障教学活动正常开展，实验技术队伍负责实验中心网络维护。
       教师只负责其所承担的实验课程，实验室的日常事务由专门的实验管理队伍负责，做到人尽其才，提高工作效率。保证实验教师有足够的精力从事实验教学改革、参与理论课程的教学和科研项目，不断提高自身的水平，发表教学研究的文章和科研的文章。实验管理队伍负责实验室的仪器、材料管理、实验室开放等日常事务。为了解决教师和实验技术人员的配合问题，明确实验教师与实验技术人员的职责，制定实验进度计划、材料采购、仪器调配制度。
       实验中心专设的仪器器材室统一管理实验室的日常开放工作，统一管理、调配实验仪器，采购实验器材。教师的精力集中于教学内容、实验方法的改革，每门实验课程设立主管教师，负责实验教学、实验改革，提高实验中心的运转效率。