在复旦大学教务处、信息科学与工程学院领导下，电子信息教学实验中心进行实验室建设、发展和运行工作，组成了“教务处----相关业务室和院系----实验中心”的三级垂直管理体系。中心主任负责中心日常事务、实验室建设和教学科研。根据教学活动特点，实验教学平台分为三个环节，分别为认知环节、实训环节（基础实验、综合实验、专业实验）、创新环节（开放实验、创新实验），各环节每门实验、每个项目由实验教学队伍具体负责。

       围绕中心教学的日常事务，实验管理队伍负责整个实验中心日常运转、保障教学活动正常开展，实验技术队伍负责实验中心网络维护。